En 1820 se decretó la instalación de varios puertos en el litoral del Golfo de México y se consideró la apertura del puerto Refugio, en la delta del río Bravo.

             El puerto de Nueva Orleáns - en la desembocadura del río Mississippi- se enlazó con los nacientes puertos mexicanos del Golfo de México, entre ellos el de Refugio, situado en los parajes de Brazos de Santiago y Frontón de Santa Isabel. El puerto mexicano padecía corrupción, desorganización y el comercio ilegal. Sin embargo, el conflicto más importante fue la disputa entre los poderes federal, estatal y local por el manejo de la aduana marítima.

            El gobierno federal comisionó en 1828 al general Anastasio Bustamante para organizar la aduana y ponerla al servicio del ejército, lo que derivó en la creación de la Comisaría de Hacienda de Matamoros.